AccuNext MNase 核小体DNA 文库制备试剂盒

本产品是以微球菌核酸酶（Micrococcal Nuclease，MNase）为基础研发的试剂盒，适用于核小体定位与占位分析、基因转录调控机制研究、表观遗传与染色质重塑研究、疾病机制探索、进化与发育生物学应用等方面。本产品样本起始量可低至10⁴~10⁵个细胞。
它利用微球菌核酸酶的特性，选择性消化裸露的 DNA，保留核小体（nucleosome）包裹的 DNA 片段，便于后续建库与高通量测序分析。
本产品的反应体系经过精心优化，所有试剂请使用本产品中提供的，不建议改变任何反应组分或使用其他的等效产品替换本产品中组分，以免获得不良的实验结果。如需替换，请先进行验证。

 

1. 高特异性：MNase Enzyme 精准消化裸露 DNA，保留完整核小体 DNA 片段（~150 bp大小的单体峰显著）。
2. 双酶协同消化：MNase Enzyme + Exonuclease Ⅲ Enzyme 联合使用，减少背景噪音，提升核小体定位分辨率。
3. 全流程优化：预混缓冲液确保消化效率，DNA Clean Beads 纯化替代酚氯抽提，操作更安全、纯化回收率更高。

 

Package 2-1 组分如下（4℃保存）：

组分	AG12572	AG12573
DNA Clean Beads	540 μl	1.7 ml

Package 2-2 组分如下（-20℃保存）：

组分	AG12572	AG12573
RNase A ( 10 mg / ml )	6 μl	20 μl
Proteinase K ( 20 mg / ml )	20 μl	60 μl
Lysis Buffer	200 μl	600 μl
Wash Buffer Ⅰ	1 ml x 2 pcs	1.5 ml x 4 pcs
1% Digitonin	4 μl	12 μl
Dilution Buffer	300 μl	1 ml
MNase Enzyme	4 μl	12 μl
Exonuclease Ⅲ Enzyme	4 μl	12 μl
MNase Digestion Buffer	200 μl	600 μl
MNase Stop Buffer	24 μl	75 μl
10% SDS	24 μl	75 μl
Nuclease free water	1 ml	1 ml x 2 pcs

注意：建议使用 AccuNext DNA 文库制备试剂盒（Illumina）（Code No. AG12535 / AG12536）进行后续建库，同时可搭配购买 AccuNext CDI 接头引物（Illumina，适用于DNA 文库）（Code No. AG12529 / AG12530 / AG12531）、AccuNext 短接头引物（Illumina，适用于DNA文库）（Code No. AG12537 / AG12538）。

 

保存温度：Package 2-1   4℃ 保存（避免冻结）
Package 2-2   -20℃ 保存
运输温度：Package 2-1 冰袋运输
Package 2-2 干冰运输或 -20℃ 冰袋运输
稳定性：未开封试剂有效期 12 个月，开封后按组分要求保存（如 MNase Enzyme 分装后-20℃保存≤6 个月）。

1. 使用本产品对 1×10⁴ K562 Cells 进行MNase 片段化，琼脂糖凝胶电泳检测结果如下：

2. 使用本产品对不同的细胞量 K562 Cells（5×10⁴、1×10⁵、1×10⁴）进行文库构建，结果显示不同细胞量均可获得较好的测序数据，片段长度分布较集中、TSS 富集正常、平行样本的相关性较好以及IGV 覆盖图有清晰的峰谷对比，如下图所示：

a) 文库片段长度分布图：片段长度集中在~150 bp 大小

b) Gene body（TSS 位点）：呈现“倒置”或“凹陷”形态
原因：启动子区域的核小体排布在大多数经典基因的启动子区域，存在一种非常保守的核小体组织模式。

• 核小体空缺区（Nucleosome-Free Region, NFR）：基因的转录起始位点（TSS）附近通常存在一个缺乏核小体的区域。这个开放区域为转录机器（如RNA 聚合酶II）和各类转录因子提供了结合位点，是启动基因转录的关键。
• flanking nucleosomes：在这个核小体空缺区的上下游两侧，则规律地排列着被核小体保护的 DNA 区段。紧邻 NFR 下游的第一个核小体常被称为+1 核小体，上游的第一个则称为-1 核小体。
  

c) 样本相关性分析：以5×104细胞+100 U MNase 组为例

d) IGV 覆盖图：正对照来自https://ngdc.cncb.ac.cn/nucmap/samples.