AccuNext 单细胞 / 微量 cDNA 合成及扩增试剂盒

产品货号:AG12501 / AG12502

¥5,000¥15,000

产品描述
本制品适用于无细胞壁的真核生物细胞(如哺乳动物细胞)或带有 Poly(A)尾的 RNA 全长 cDNA 合成与扩增。制品包含进行细胞裂解、反转录 ( RT ) 和 PCR 扩增所需的所有组分,既可直接以 1 ~ 1000 个细胞为模板,也可以 10 pg ~ 100 ng 总 RNA 为模板,使用带特定接头的 Oligo (dT) primer 进行反转录;利用反转录酶的末端转移酶活性,在反转录酶到达 mRNA 5′ 端时,在 cDNA 的 3′ 端引入几个不依赖于模板的碱基,通过 5′ Template Switching Oligo ( TSO ) 继续合成带有特定接头的 cDNA。同时,在 5′ Template Switching Oligo 中加入 Locked Nucleic Acid ( LNA ) 技术,可实现更有效的模板转换;利用添加在第一链 cDNA 两端接头序列进行后续的 PCR 扩增,确保了最终的 cDNA 文库包含 mRNA 的 5′ 末端,保持 mRNA 转录本的原始表达信息,避免 3′ 端的偏好性。
通过对全长 cDNA 文库进行 NGS 测序,可进行基因表达差异分析、可变剪接、融合基因等遗传调控信息分析。本制品能兼容 1 ~ 9.5 μl 的样本体积,可获得 2 ~ 20 ng 的 cDNA 扩增产物。
本试剂盒的反应体系经过了精心优化,请使用本试剂盒包含的试剂进行细胞裂解、逆转录 ( RT ) 和 PCR 扩增实验,不建议改变任何反应组分的用量及浓度或用其他的等效产品替换本试剂盒中组分,以免获得不好的结果。如需替换,请先进行验证。
产品优势
① 超高灵敏度:可以单细胞为模板或以 10 pg RNA 为模板进行高效扩增。
② 精心优化的反应体系,避免了 PCR 扩增的偏好性,基因数(包括低表达基因数)检出量高。
③ 通过双端引物扩增全长 cDNA,可获得全转录组信息,避免了5′ 端和 3′ 端偏好性。
产品组成

Package 2-1 组分如下(-80℃ 保存):

组分 AG12501 AG12502
Control Total RNA*(1 μg / μl) 5 μl 5 μl
5′ Template Switching Oligo 12 μl 48 μl

Package 2-2 组分如下(-20℃ 保存):

组分 AG12501 AG12502
10X Cell Lysis Buffer 228 μl 920 μl
RNase Inhibitor(40 U / μl) 18 μl 72 μl
3′ Oligo (dT) Primer 24 μl 96 μl
5X First-Strand Synthesis Buffer 48 μl 192 μl
AccuNext Reverse Transcriptase(100 U / μl) 24 μl 96 μl
AccuNext DNA Polymerase(1 U / μl) 12 μl 48 μl
2X AccuNext PCR Buffer 300 μl 1.2 ml
PCR Primers 12 μl 48 μl
Nuclease free water 1 ml 1 ml
保存与运输
保存温度:Package 2-1   -80℃ 保存            Package 2-2   -20℃ 保存
运输温度:-20℃ 冰袋运输或干冰运输 (其中Package 2-1避免反复冻融。)
示例一

采用本试剂盒进行 Control Total RNA 全长 cDNA 扩增,RNA 模板添加量为 10 pg,PCR 扩增循环数为 17。结果如下:图 A 显示了 cDNA 合成和扩增后的纯化产物,分布均匀。图3. B 显示无模板的阴性对照中没有产物。

图3. Agilent 2100 生物分析仪检测结果

示例二

用本试剂盒对 293T Cell 和 293T Cell Total RNA 进行反转录及 PCR 扩增,然后以 PCR 产物构建 DNA 文库,使用 Illumina NovaSeq 6000 系统测序,数据如下:

表2. 1 ~ 1000 个细胞主要 mRNA-Seq 数据


表3. 10 pg ~ 10 ng 的 293T Cell total RNA 主要 mRNA-Seq 数据

示例三

以 1 ~ 1000 个 293T Cell 为模板,用本试剂盒进行反转录及 PCR 扩增,然后以 PCR 产物构建 DNA 文库,使用 Illumina NovaSeq 6000 系统测序,做两次重复实验,两次结果的基因表达相关性很高,实验重复性好(图4:A 为 1000 cells、B 为 100 cells、C 为 10 cells、D 为 1 cell)。


图4. 基因表达重复性分析

示例四

以 1 ~ 1000 个 293T Cell 为模板,用本试剂盒进行反转录及 PCR 扩增,然后以 PCR 产物构建 DNA 文库,使用 Illumina NovaSeq 6000 系统测序,测序后分析测序片段在基因上的分布,结果显示用本试剂盒扩增的片段无 5′ 端和 3′ 端的偏好性,分布均一(图5:A 为 1000 cells、B 为 100 cells、C 为 10 cells、D 为 1 cell)。


图5. 测序数据在基因上的分布